各種サービス(設備利用・解析支援など)

ToMMoでは研究利用を目的とした設備利用や解析支援などのサービスを行っています。主なサービスは以下です。

スーパーコンピュータの利用

ToMMoに設置されたスーパーコンピュータは次世代医療に欠かせない大規模ゲノム解析を支えるCPUが16,000コア、高速なデータ解析を可能にする超並列ハードディスク装置が19.4ペタバイト、データバンクとしてデータを長期間保存することができる最新のテープドライブも装備された日本最大規模のシステムです。

試料・情報分譲審査委員会で承認された情報分譲に伴う共同研究、およびToMMoが研究計画として推進する事業に関連する共同研究においてスーパーコンピュータの利用が可能です。詳しくは東北メディカル・メガバンク機構スーパーコンピュータOFFICIAL WEBSITEをご覧ください。

次世代医療の開発を加速! ゲノム医科学用供用スーパーコンピュータ AMED/ToMMoのシステムを拡張して全国利用体制を構築へ【プレスリリース】

遠隔セキュリティエリア

ToMMoに設置されたスーパーコンピュータへ他の研究機関からもアクセスできるように整えた遠隔セキュリティエリアの運用を2016年12月から開始し、2020年10月現在、日本全国26ヶ所に拠点を設置しています。また、東北メディカル・メガバンク機構日本橋分室(東京都日本橋)に整備した日本橋共用端末室(訪問型の遠隔セキュリティエリア)も利用可能です。当計画から生み出された膨大なデータ、統合データベースdbTMMや計算資源としてのスーパーコンピュータを、お近くの拠点からご利用いただけます。

スーパーコンピュータ内のゲノム解析情報がより身近に 訪問型遠隔セキュリティエリアの設置と自席からのアクセスを実現【プレスリリース】

遠隔セキュリティエリア運用開始 ‐外部研究機関からもスーパーコンピュータが利用可能に‐【プレスリリース】

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ゲノム解析支援

ToMMoのGWASセンターでは ジェノタイピング、インピュテーション、GWASなどのゲノム解析支援を行っています。GWASセンターについてはこちら

ジャポニカアレイ®

ジャポニカアレイ®とは、ToMMoが構築した「全ゲノムリファレンスパネル」をもとに社会実装した日本人ゲノム解析ツールで、設計の概念は論文としてまとめられています。ToMMoではジャポニカアレイ®を利用したジェノタイピングサービス、インピュテーションサービスなどのゲノム解析支援を行っています。疾患関連因子として確かな研究報告があるSNPをさまざまな文献やデータベースをもとに選別し、3.5KJPNv2を用いて日本人にアレル頻度が一定以上で存在するSNPに絞り込みを行い、日本人特有の疾患関連SNPを搭載しています。

日本人ゲノム解析ツール「ジャポニカアレイ®」

なお、ジャポニカアレイのマーカーリストがjMorpに掲載されています。また、個々の遺伝子やSNPの搭載状況は、jMorp内のGenome Variationで検索し、JPA列でご確認いただけます。

ジャポニカアレイ®NEOを開発 ~より広くさまざまな人々にゲノム解析が適用可能に~【プレスリリース】

日本人に最適化されたSNPアレイ「ジャポニカアレイ®」を設計〜約66万個のSNP情報を搭載した個別化予防・医療研究を加速する解析ツール〜【プレスリリース】

ジェノタイピングの実施

GWASセンターにて、共同研究によるジャポニカアレイ®NEOを用いたジェノタイピングを実施しています。詳細はこちらへお問い合わせください。

インピュテーションサービス

ToMMoでは学術研究機関(営利企業をのぞく)に所属する研究者の方を対象としたジャポニカアレイ®データに対するインピュテーションサービスを行っています。
詳細な受入・提供データの仕様、料金、結果提供までの期間や解析方法などはこちらをご覧ください。

 

GWAS解析

GWAS解析については こちら をご覧ください。

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解析設備の利用

文部科学省が進める先端研究基盤共用促進事業のもと、ToMMoの研究設備及び機器をご利用いただくことが可能です。詳しい利用方法については東北大学コアファシリティ統括センターのウェブサイトをご覧ください。

また、ToMMoが参画する東北大学高等研究機構未来型医療創成センター(INGEM)では、AMEDの支援を受けてクライオ専用透過型電子顕微鏡を設置しています。クライオ専用透過型電子顕微鏡の詳しい利用方法については、東北大学高等研究機構未来型医療創成センター(INGEM)のウェブサイト をご覧ください。

トレーニングコース

多くの研究者の方にToMMoの研究設備及び機器を利活用していただくため、外部機関の方も参加可能な利用講習会を開催しています。これまでの開催は以下の通りです。
・2023年
先端研究基盤共用促進事業「NMRプラットフォーム」 第五回 核磁気共鳴(NMR)装置利用講習会のご案内(5/18,19)

・2021年
先端研究基盤共用促進事業 新共用&SHARE利用報告会 開催のお知らせ(3/23)

・2020年
先端研究基盤共用促進事業 第四回 核磁気共鳴(NMR)装置利用講習会のご案内(12/24,25)

・2019年
先端研究基盤共用促進事業 第三回 核磁気共鳴(NMR)装置利用講習会のご案内(12/19,20)
先端研究基盤共用促進事業 第1回利用報告会を開催します(2019/3/28)
先端基盤共用促進事業 多変量解析ソフトウェアSIMCA講習会を開催しました(2019/2/7)

・2018年
先端研究基盤共用促進事業 質量分析メタボローム解析ソフトウェア講習会を開催しました(2018/12/5)
先端研究基盤共用促進事業 第二回 核磁気共鳴(NMR)装置利用講習会(2018/12/6,7)
第3回ジャポニカアレイ®研究会が開催されます(9/15)
第2回ユーザ会開催のご案内(スーパーコンピュータ)(2018/2/28)

・2017年
先端研究基盤共用促進事業 第一回 核磁気共鳴(NMR)装置利用講習会(2017/12/19,20)
2017年度スーパーコンピュータ利用講習会のご案内(2017/12/4-6)
2017年11月ユーザ会開催のご案内(スーパーコンピュータ)(2017/11)

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