各種サービス(設備利用・解析支援など)

ToMMoでは研究利用を目的とした設備利用や解析支援などのサービスを行っています。主なサービスは以下です。

スーパーコンピュータの利用

ToMMoに設置されたスーパーコンピュータは次世代医療に欠かせない大規模ゲノム解析を支えるCPUが16,000コア、高速なデータ解析を可能にする超並列ハードディスク装置が19.4ペタバイト、データバンクとしてデータを長期間保存することができる最新のテープドライブも装備された日本最大規模のシステムです。

試料・情報分譲審査委員会で承認された情報分譲に伴う共同研究、およびToMMoが研究計画として推進する事業に関連する共同研究においてスーパーコンピュータの利用が可能です。詳しくは東北メディカル・メガバンク機構スーパーコンピュータOFFICIAL WEBSITEをご覧ください。

次世代医療の開発を加速! ゲノム医科学用供用スーパーコンピュータ AMED/ToMMoのシステムを拡張して全国利用体制を構築へ【プレスリリース】

遠隔セキュリティエリア

ToMMoに設置されたスーパーコンピュータへ他の研究機関からもアクセスできるように整えた遠隔セキュリティエリアの運用を2016年12月から開始し、2020年9月現在、日本全国22ヶ所に拠点を設置しています。また、東北メディカル・メガバンク機構日本橋分室(東京都日本橋)に整備した日本橋共用端末室(訪問型の遠隔セキュリティエリア)も利用可能です。当計画から生み出された膨大なデータ、統合データベースdbTMMや計算資源としてのスーパーコンピュータを、お近くの拠点からご利用いただけます。

スーパーコンピュータ内のゲノム解析情報がより身近に 訪問型遠隔セキュリティエリアの設置と自席からのアクセスを実現【プレスリリース】

遠隔セキュリティエリア運用開始 ‐外部研究機関からもスーパーコンピュータが利用可能に‐【プレスリリース】

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ゲノム解析支援

ToMMoのGWASセンターでは ジェノタイピング、インピュテーション、GWASなどのゲノム解析支援を行っています。GWASセンターについてはこちら

GWASセンターを新たに設置~高品質なゲノムワイド関連解析結果を全国の研究者に提供~【プレスリリース】

ジャポニカアレイ®

ジャポニカアレイ®とは、ToMMoが構築した「全ゲノムリファレンスパネル」をもとに社会実装した日本人ゲノム解析ツールです。ToMMoではジャポニカアレイ®を利用したジェノタイピングサービス、インピュテーションサービスなどのゲノム解析支援を行っています。疾患関連因子として確かな研究報告があるSNPをさまざまな文献やデータベースをもとに選別し、3.5KJPNv2を用いて日本人にアレル頻度が一定以上で存在するSNPに絞り込みを行い、日本人特有の疾患関連SNPを搭載しています。

なお、ジャポニカアレイのマーカーリストがjMorpに掲載されており、こちら からご覧いただけます。また、個々の遺伝子やSNPの搭載状況は、jMorp内のGenome Variationで検索し、JPA列でご確認いただけます。サンプルページはこちら

日本人ゲノム解析ツール「ジャポニカアレイ®」

ジャポニカアレイ®NEOを開発 ~より広くさまざまな人々にゲノム解析が適用可能に~【プレスリリース】

日本人ゲノム解析ツール「ジャポニカアレイ®v2」を用いたゲノム解析サービスが開始されました

日本人に最適化されたSNPアレイ「ジャポニカアレイ®」を設計〜約66万個のSNP情報を搭載した個別化予防・医療研究を加速する解析ツール〜【プレスリリース】

ToMMoの研究成果が、COI東北拠点による日本人ゲノム解析ツール「ジャポニカアレイ®」に活用されました

ジェノタイピングの実施

GWASセンターにて、共同研究によるジャポニカアレイ®NEOを用いたジェノタイピングを実施しています。詳細はこちらへお問い合わせください。

インピュテーションサービス

ToMMoでは学術研究機関(営利企業をのぞく)に所属する研究者の方を対象としたジャポニカアレイ®データに対するインピュテーションサービスを行っています。
詳細な受入・提供データの仕様、料金、結果提供までの期間や解析方法などはこちらをご覧ください。

 

GWAS解析

コントロールデータや解析設備・人材が整ったGWASセンターにおいて、共同研究者が保有するDNA試料やジャポニカアレイデータをもとに、高品質なゲノムデータの産生、及びGWAS解析を実施しています。得られた解析結果は、共同研究先と共有するとともに、原則としてGWASセンターに蓄積し、日本全国の多くの研究者が利用可能となるよう整備します。

共同研究の流れ

GWASセンターにおける共同研究の実施を希望される場合、以下のような流れで行います。詳細はこちらへお問い合わせください。 

1. 事前コンサルティング
お持ちの試料・データや目的等をお伺いし、最適な実施内容や費用等について打合せを実施、共同研究計画を立案します。実施内容は、大きく分けて以下となります。
(1) ジェノタイピング
(2) クオリティチェック解析・遺伝子型インピュテーション
(3) GWAS解析
※すでにSNPアレイデータをお持ちの場合には(2)(3)の実施、GWAS解析が不要な場合には(1)(2)の実施等、目的に合わせて柔軟に対応いたします。
 ↓
2. 各種手続き
倫理審査申請、共同研究契約締結、費用の支払い等の手続きを行います。
 ↓
3. 共同研究の実施
試料・データを送付いただき、研究計画に沿って解析を進め、得られた結果を報告書とともに返却します。事後コンサルティングとして、結果の詳細な説明を受けることも可能です。
 ↓
4. 共同研究の終了
研究成果の取扱いについて協議し、覚書を締結します。

※ジャポニカアレイのマーカーリストがjMorpに掲載されており、こちら からご覧いただけます。また、個々の遺伝子やSNPの搭載状況は、jMorp内のGenome Variationで検索し、JPA列でご確認いただけます。サンプルページはこちら

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解析設備の利用

文部科学省が進める先端研究基盤共用促進事業のもと、ToMMoの研究設備及び機器をご利用いただくことが可能です。詳しい利用方法については東北大学テクニカルサポートセンター利用の流れをご覧ください。

利用可能機器一覧

トレーニングコース

多くの研究者の方にToMMoの研究設備及び機器を利活用していただくため、外部機関の方も参加可能な利用講習会を開催しています。これまでの開催は以下の通りです。
・2019年
先端研究基盤共用促進事業 第三回 核磁気共鳴(NMR)装置利用講習会のご案内(12/19,20)
先端研究基盤共用促進事業 第1回利用報告会を開催します(2019/3/28)
先端基盤共用促進事業 多変量解析ソフトウェアSIMCA講習会を開催しました(2019/2/7)

・2018年
先端研究基盤共用促進事業 質量分析メタボローム解析ソフトウェア講習会を開催しました(2018/12/5)
先端研究基盤共用促進事業 第二回 核磁気共鳴(NMR)装置利用講習会(2018/12/6,7)
第3回ジャポニカアレイ®研究会が開催されます(9/15)
第2回ユーザ会開催のご案内(スーパーコンピュータ)(2018/2/28)

・2017年
先端研究基盤共用促進事業 第一回 核磁気共鳴(NMR)装置利用講習会(2017/12/19,20)
2017年度スーパーコンピュータ利用講習会のご案内(2017/12/4-6)
2017年11月ユーザ会開催のご案内(スーパーコンピュータ)(2017/11)

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共同研究について

共同研究の成果

公募を行った共同研究の成果として、これまでに以下のような論文が出版されています。

A comprehensive genomic analysis reveals the genetic landscape of mitochondrial respiratory chain complex deficiencies
Kei Murayama, Akira Ohtake, Yasushi Okazaki, et al.
PLOS Genetics: Published: January 7, 2016 
DOI: 10.1371/journal.pgen.1005679
(本研究は、埼玉医科大学の研究グループの主導のもと、共同研究として行われました。 解説ページ)

Fine-mapping analysis revealed complex pleiotropic effect and tissue-specific regulatory mechanism of TNFSF15 in primary biliary cholangitis, Crohn’s disease and leprosy
Yonghu Sun, et al.
Scientific Reports 6, Article number: 31429 (2016)
DOI: 10.1038/srep31429
(本研究は、共同研究公募に東京大学徳永教授が応募したことから得られました。 解説ページ)

問い合わせ

東北メディカル・メガバンク計画の資源を活用した共同研究のご相談を受け付けています。詳細につきましては下記にお問い合わせください。

・ゲノムプラットフォーム連携センター
contact*gpc.megabank.tohoku.ac.jp (*を@に変えて下さい)

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