既知のDNA断片が固定されたチップに、測定したいDNAをハイブリダイズさせる。 1枚のDNAマイクロアレイチップに8サンプルを載せることが出来る。 写真では4枚のチップを載せている。
DNAマイクロアレイチップをスキャンし読み取る。 1サンプルにつき、数百万箇所の一塩基多型が検出できる。