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2013.07.19

第33回 インシリコ・メガバンク研究会開催のお知らせ(7月26日)

第33回インシリコ・メガバンク研究会を下記のとおり行いますのでご案内いたします。今回は国立遺伝学研究所 クリユコフ・キリル先生を講師としてお迎えし、「ゲノム多重配列アラインメントのためのツール」について講演していただきます。

日時:平成25年7月26日(金) 17:00‐18:30
場所:東北メディカル・メガバンク機構2階会議室1

演題:MISHIMA – a tool for genomic multiple sequence alignment
講師:Dr. Kryukov Kirill(国立遺伝学研究所)

・概要:MISHIMA is a multiple DNA sequence alignment method that uses heuristics for quickly finding regions of high similarity between sequences. MISHIMA operates by locating rare DNA fragments shared by multiple sequences and using them as alignment anchors. This technique allows aligning multiple bacterial genomes in short time. Here we present the improved version 2 of MISHIMA aligner. Sensitivity of the aligner has been improved by using only certain positions within the analyzed DNA words. Another improvement concerns the choice of the word length. In the original MISHIMA a fixed user-specified word length was used. Now it is chosen dynamically and automatically during the alignment process. Also MISHIMA can now better handle circular DNA sequences. The improved MISHIMA aligner has been tested on a range of bacterial and fungal genomes.

 

・世話人:長﨑正朗

 

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